Precizne indikacije za EGDS još uvijek su predmet rasprava. Brojni kliničari su gotovo napustili standardnu rendgensku pretragu s barijevom kašom u korist gastroskopije. Prilikom odluke o odlasku na ovu pretragu u obzir je potrebo uzeti rizik od komplikacija, cijenu pretrage, očekivanu dijagnostičku korist te vjerojatnost normalnog (negativnog) nalaza.

Pretraga se najčešće preporučuje kod slijedećih stanja:

  • akutno krvarenje iz gornjeg probavnog sustava u svrhu određivanja mjesta krvarenja i eventualne terapije spaljivanjem ili sklerozacijom
  • otežano gutanje - osobito ako već postoje suženja ili ulceracije
  • dispepsija, niz simptoma koji nastaju nakon unosa hrane kao nadutost, žgaravica, bol i napetost u stomaku, podrigivanje i učestali vjetrovi
  • bolno gutanje (odinofagija)
  • kontrola premalignih stanja kao što je Barrettov jednjak, suženja jednjaka, Plummer-Vinsonov sindrom
  • poremećaji uočeni tijekom snimanja s barijevom kašom koji zahtijevaju vizualno dokazivanje i/ili biopsiju, npr. polipi, čirevi, tumori
  • sumnja na zapreku želučanog izlaza

Pretraga se rjeđe koristi pri ovim stanjima, gdje često i nije najprikladnija:

  • bol u prsištu
  • bol u trbuhu nepoznata uzroka
  • rutinska provjera refluksne bolesti
  • nekomplicirana ulkusna bolest primijećena tijekom snimanja barijevom kašom

Gastroskopija nije više samo dijagnostička metoda jer se običnim aparatima ili, pak, onim posebno dizajniranim mogu raditi i manji operativni zahvati. Najčešća je intervencija zaustavljanje krvarenja u gornjem dijelu probavnog sustava, čemu u prilog govori podatak da su te metode znatno smanjile smrtnost od krvarenja sa 10 na manje od jedan posto. Kad znamo da su se nekad ozbiljna krvarenja rješavala isključivo kirurški, jasno je da mala agresija gastroskopije predstavlja izuzetan napredak. 

Terapijska intervencija ovim instrumentom potrebna je u slijedećim slučajevima:

  • sklerozacija krvarećih proširenih krvnih žila jednjaka
  • kauterizacija ili fotokoagulacija krvarećih mjesta gornjeg probavnog sustava
  • lasersko odstranjenje karcinoma jednjaka
  • postavljanje cijevi za hranjenje
  • proširivanje suženja jednjaka
  • odstranjenje polipa (polipektomija)
  • otapanje bezoara, gustih nakupina poluprobavljene ili neprobavljene hrane

Danas se mogu raditi i operacije kojima se sprječava povrat želučanog sadržaja u jednjak te se može postaviti proteza u jednjak kod zlućudnih bolesti kako bi se održalo provođenje hrane prema želucu.