Ponekad je vrlo teško već pri prvom pregledu zaključiti je li riječ o dobroćudnoj ili zloćudnoj bolesti. Uzimanje materijala za pregled pod mikroskopom može biti dvojbeno kao i sam izgled neke promjene u želucu. U tim slučajevima rade se kontrolne gastroskopije i ponavlja se uzimanje uzoraka za mikroskopski pregled. Naime, vrijed želuca uvijek otvara sumnju i na postojanje tumora, pa se kontrolne gastroskopije provode do potpunog zacjeljenja vrijeda uz ponavljanje biopsije. Kontrole se obavljaju u mjesečnim razmacima, a nekad ih treba učiniti i nekoliko do potpunog zacjeljenja vrijeda. Čir dvanaesnika uvijek je dobroćudan, pa se i u kontrolama bolesnika zadovoljavamo samim osjećajem bolesnika bez dodatnih verifikacija.
Praćenje osobe s polipima želuca druga je vrlo važna uloga gastroskopije. S obzirom na to da su neki tipovi polipa, inače dobroćudnih izraslina, skloni "okretanju" u zloćudnu bolest, nakon odstranjenja polipa treba pratiti bolesnika kako bi se uočio eventualni rast novih.
Gastroskopija je izvrsna dijagnostička metoda u otkrivanju, liječenju i praćenju bolesti gornjeg dijela probavnog sustava. Kratkotrajna je i bezbolna, pa je strah od pretrage pretjeran. Uostalom, zasad nema drugih metoda koje bi je mogle zamijeniti na odgovarajući način.
