Sama pretraga, kolonoskopija, počinje u lijevom bočnom položaju, a nakon prolaska sigme bolesnika se okreće na leđa. Tijekom pretrage, ako je to potrebno, bolesnika se okreće iz jednoga bočnog položaja u drugi, da bi se postiglo premještanje crijeva unutar trbušne šupljine i tako olakšao prolaz aparata kroz crijevo. Cilj svake kolonoskopije je pregledati cijelo debelo crijevo, od anusa do spoja s tankim crijevom, a po mogućnosti ući aparatom i u tanko crijevo, jer je to najsigurnji dokaz da je učinjena potpuna kolonoskopija.
Kod 5-10% bolesnika kolonoskopijom se ne može otkriti tumor zbog tehničkih razloga (presavijeno crijevo, loša priprema bolesnika) pa se u tom slučaju može uraditi rendgenska pretraga pomoću barijeve kaše. Važno je pregledati cijelo debelo crijevo kako bi se isključila prisutnost sinkronog karcinoma. Ako tumorska masa sprečava pregled cijelog crijeva, kolonoskopija se ponavlja nakon operacije.
Rano otkrivanje raka najvažniji je trenutak u liječenju bilo koje maligne bolesti, što najviše jamči izlječenje i najbolju kontrolu bolesti.
