Osam sati prije pretrage ne smije se ništa jesti. Ako se provodi ujutro, nakon ponoći se ništa ne smije jesti. Ako se provodi kasno poslijepodne uglavnom je dozvoljen lagani doručak. Lijekove koje pacijent svakodnevno uzima može uzeti i sada uz malo vode. Samo lijekovi koji ometaju prikaz površine probavnih organa kao što su antacidi trebaju se prestati uzimati. Ako se planira uzimanje uzroka tkiva, biopsija, bar 5 dana prije pretrage treba prekinuti uzimanje analgetika i nesteroidnih antiupalnih lijekova. Ako se sumnja na zapreku izlaza želuca prije gastroskopije se provodi usisavanje želučanog sadržaja kako bi se omogućio njegov prikaz. Prethodno je potrebno skinuti zubnu protezu. Prije pretrage provjerava se puls i tlak. Prije početka može se dati sedativ te lokalni anestetik u spreju u grlo.
Tijek
Endoskopija gornjeg probavnog sustava uključuje direktno promatranje jednjaka, želuca i dvanaesnika pomoću savitljivog fiberoptičkog instrumenta promjera oko 9 mm koji se naziva endoskop. Pacijenti su obično budni iako im se može dati sedativ. Kod suradljivih pacijenata se sedativ ne mora davati i tada to ne utječe na rezultate pretrage niti povećava rizike i mogućnost komplikacija. Obavlja se u posebno opremljenoj prostoriji za endoskopiju ili na krevetu u jedinici intenzivne njege. Traje 5-15 minuta. Pacijent se postavlja u lijevi bočni položaj te mu se u usta postavi šuplji dio kroz koji se uvodi instrument, a koji štiti usne i zube. Endoskop se kroz usta uvlači u jednjak, želudac i dvanaesnik. Promatra se građa sluznice, važne strukture i traže sumnjive promjene kao čirevi, erozije, polipi, suženja, tumori, proširene krvne žile, mjesta krvarenja itd. Malom štipaljkom i četkicom se lako može uzeti uzorak za analizu tkiva, stanica i mikroorganizama. Endoskopom se mogu učiniti manji zahvati kao odstranjenje polipa (polipektomija), skleroterapija (uštrcavanje sredstva koje stvrdne krvareće krvne žile), odstranjenje stranih tijela i električno spaljivanje krvarećih mjesta (kauterizacija).
