Za kolonoskopiju treba prethodno pripremiti debelo crijevo, tj. očistiti, i to dan prije tijekom poslijepodneva. Danas ima nekoliko vrsta pripravaka za čišćenje koji se mogu kupiti u svakoj ljekarni uz popratne upute. U svakom slučaju, svako je čišćenje povezano s uzimanjem što veće količine tekućine, najmanje tri litre, a po mogućnosti i više. Neobično je važno da je crijevo prilikom pretrage čisto kako bi se što bolje i lakše vidjele promjene na sluznici, a ujedno da bi se moglo napredovati kroza nj. Naime, ostaci stolice priječe prolaz aparatu i smanjuju vidljivost, a ako ga u potpunosti onemogućuju, mora se odustati od daljnje pretrage.
Neposredno prije kolonoskopije poželjno je bolesniku dati injekciju lijeka kojim se opušta crijevo i ujedno smanjuju bolovi, čime se pretraga čini manje neugodnom. U nekim centrima, ako postoje tehnički i organizacijski uvjeti, kolonoskopija se može provesti u kratkotrajnoj općoj anesteziji.
