Smatra se da je uzrokovana oštećenjem zajedničke matične stanice iz koje se kasnije razvijaju sve loze krvnih stanica. Posljedica je slaba razvijenost ili nerazvijenost koštane srži.
- Prirođeni uzroci: aplastična anemija javlja se kod Fanconijeve anemije i kongenitalne diskeratoze
- Imunološki uzroci: liječenje lijekovima koji potiskuju obrambeni sustav (imunosupresivi) nakon zahvata presađivanja koštane srži može uzrokovati aplastičnu anemiju.
- Lijekovi i otrovi: aplastična anemija česta je nakon liječenja lijekovima koji potiskuju obrambeni sustav (imunosupresivi), lijekovima protiv tumora (citostatici, kemoterapija), nakon zračenja, uzimanja derivata benzena i drugih ugljikovodika, kloramfenikola itd.
- Infekcije: aplastična anemija opisana je nakon zaraze s virusnim hepatitisom, Epstein-Barrovim virusom, parvovirusom, HIV-om. Aplastična anemija koja nastaje tijekom trudnoće većinom nestaje nakon poroda.
