Početak aplastične anemije je u većine bolesnika neprimjetan. Prvi su simptomi slabost i umor kojima je uzrok smanjen broj crvenih krvnih stanica (eritrocita). Manjak eritrocita uzrokovan je smanjenom proizvodnjom u koštanoj srži i krvarenjima iz nosa, zubnog mesa, vagine, probavnog sustava, potkožnog tkiva. U većine je bolesnika krvarenje blaže, u nekih se kao prvi simptom javlja krvarenje u mrežnicu oka ili mozak. Krvarenja nastaju zbog manjka krvnih pločica - trombocita. Bolesnici obično imaju jako nizak broj bijelih krvnih stanica koje služe za obranu organizma, ali je zanimljivo da nemaju tako često bakterijske infekcije. Bolesnici su jako blijedi, a po koži, očnoj spojnici, očnoj pozadini i zubnom mesu mogu se nalaziti točkasta krvarenja i krvni podljevi (hematomi). Vrućica je česta, a tipični znaci infekcije često izostaju zbog iznimno niskog broja leukocita (bijelih krvnih stanica).
